Die Suchmaschinenoptimierung für Subdomains gestalltet sich wesentlich komplizierter und aufwendiger als die für eine gewöhnliche Domain. Der Grund liegt in der zur Zeit gängigen Vorgehensweise beim SEO. Dabei wird in der Regel versucht zu viele Links wie möglich auf die zu optimierende Website zu setzen. Natürlich ist man dabei bemüht wenig beziehungsweise am besten gar nichts für diese Links bezahlen zu müssen. Die wahrscheinlich größte Quelle an kostenlosen Backlinks sind Webkataloge. Im Allgemeinen ist der Eintrag einer Seite, und damit das Plazieren eines Links zu dieser Seite, für den Eintragenden kostenfrei.

Aber es gibt kaum Webkataloge für Subdomains denn die meisten Kataloge im deutschsprachigen Raum erlauben nur das Eintragen von sogenannten Topleveldomains. Wie man sieht ist es also für eine Subdomain ungleich schwieriger an Backlinks heran zu kommen, wie für eine normale, d.h. Topleveldomain. Das bedeutet aber auch, dass eine Subdomain die viele eingehende Links besitzt, meist sehr guten bzw. interesanten Inhalt besitzt. Da sie nicht auf die Menge der kostenlosen Links aus Verzeichnissen zurückgreifen kann. Solche Subdomains werden daher selbst gerne als Linkquelle genützt.

Daher ist es nicht verwunderlich, dass einige Suchmaschinenoptimierer ein eher gespaltenes Verhältnis zum Thema Subdomains haben. Für sie sind Subdomains Mittel zur Optimierung und nicht das Ziel der Optimierung.